Alessandro De Maddalena si è occupato estensivamente dello studio della presenza dello squalo bianco nel Mediterraneo, tema sul quale è il maggiore specialista. In oltre 15 anni di lavoro ha raccolto e studiato oltre 500 segnalazioni di squali bianchi nel Mare Mediterraneo, creando la Banca Dati Italiana Squalo Bianco, un programma di ricerca che non ha eguali per specificità e completezza. In quest’ambito si è occupato dello studio di distribuzione, habitat, movimenti, dimensioni, riproduzione, comportamento, dieta, attacchi all’uomo, pesca. Questa stessa ricerca l’ha spinto a compiere un approfondito studio dei reperti di squalo bianco conservati nei musei d’Europa. Si è inoltre occupato dello studio della biologia di tutte le specie di squali del Mediterraneo, della pesca e del commercio degli squali in Italia, della colorazione delle pinne pettorali degli squali, dei reperti di squalo bianco conservati nei musei degli Stati Uniti d’America, della catalogazione degli squali conservati nel Museo di Storia Naturale di Praga, delle interazioni tra squali e subacquei in Mar Rosso, delle interazioni tra orche e squali, ha segnalato per primo la presenza dello squalo di Java nel Mediterraneo, ha stabilito le dimensioni massime dello squalo mako dalle pinne corte e ha contribuito allo studio della crescita del cetorino.
I dati che ha raccolto in merito agli attacchi di squalo bianco all’uomo sono confluiti nel Global Shark Attack File, del quale è investigatore regionale per il Mediterraneo.
I risultati delle sue ricerche sono regolarmente pubblicati nei suoi libri e in rapporti scientifici.